深圳海關總轄大鵬海關及蛇口海關，關區(qū)號是一致的。（深圳海關關區(qū)包括深圳、惠州兩市）蛇口集裝箱碼頭與珠江流域和華南沿海各主要港口連為一體，開發(fā)支線和駁船運輸?shù)臈l件得天獨厚。
  今天，蛇口集裝箱碼頭已經(jīng)成功開發(fā)了往返蛇口與珠江三角洲的“珠三角公共駁船快線”，服務范圍涵蓋黃埔、順德、江門、中山、珠海、佛山等主要碼頭。目前蛇口“珠三角快線”駁船經(jīng)營人有新柏鴻船務有限公司、水陸集運容奇有限公司、廣運船務有限公司、廈門鷺豐船務有限公司、浩達船務有限公司等，具體到哪個地區(qū)碼頭要看交通廳船舶批文上駁船公司有沒有申請這個服務。
  為安全起見，無論是有吊機的駁船，還是自航駁船，如果所裝集裝箱的總重量超過駁船載重量的百分之八十，蛇口集裝箱碼頭將拒絕裝船操作，海事處將會抽查，如果違規(guī)操作會有巨額罰款。蛇口港建設分一期工程（蛇口三突堤1#、2#泊位）、二期工程（3#、4#泊位），三期工程也正在規(guī)劃之中（5#號泊位也已經(jīng)投入使用）。招商港務也位于蛇口港區(qū)，從事港口裝卸、貨運代理、陸路運輸拖運及駁船支線服務業(yè)務。SCT碼頭一直與招商港務在集裝箱泊位的使用上互相合作。